Fundacja im. Stefana Batorego jest niezależną organizacją pozarządową, której celem jest wspieranie rozwoju demokracji i społeczeństwa obywatelskiego – społeczeństwa ludzi świadomych swoich praw i obowiązków, angażujących się w sprawy swojej społeczności lokalnej, swojego kraju i społeczności międzynarodowej.

Do priorytetowych zadań Fundacji należy: poprawa jakości polskiej demokracji, wzmacnianie roli instytucji obywatelskich w życiu publicznym oraz rozwijanie współpracy i solidarności międzynarodowej.

Podstawową metodą działania Fundacji jest udzielanie dotacji na przedsięwzięcia podejmowane przez organizacje pozarządowe. Fundacja realizuje też własne projekty: prowadzi kampanie społeczne i działania rzecznicze, monitoruje funkcjonowanie instytucji publicznych, organizuje konferencje i debaty, warsztaty i spotkania, wydaje publikacje.